Księża pallotyni pojawili się na Krzeptówkach w roku 1950. W 1957 roku wybudowali tu duży dom zakonny z kaplicą pod wezwaniem Niepokalanego Serca Maryi. W 1961 roku biskup krakowski Karol Wojtyła poświęcił na Krzeptówkach kopię figury Matki Boskiej Fatimskiej przekazaną prymasowi Wyszyńskiemu z Portugalii przez biskupa Fatimy. W okresie Solidarności i stanu wojennego był tu ośrodek duszpasterski dla inteligencji zakopiańskiej. W stanie wojennym trzykrotnie wypoczywał u pallotynów na Krzeptówkach przywódca zdelegalizowanej „Solidarności” Lecha Wałęsa z rodziną. Po zamachu na życie Jana Pawła II na Placu św. Piotra 13 maja 1981 roku, powstała idea budowy nowego kościoła jako wotum wdzięczności za ocalenie życia Ojca Świętego. 13 maja 1989 metropolita krakowski kardynał Franciszek Macharski wmurował na Krzeptówkach kamień węgielny, pochodzący z grobu Św. Piotra w Watykanie. Projektantem kościoła był Stanisław Tylka z Zakopanego. Budowę ukończono w 1992 roku, a kościół konsekrował kardynał Macharski 13 maja tegoż roku. Ojciec Święty Jan Paweł II odwiedził kościół na Krzeptówkach 7 czerwca 1997 roku, ponownie go konsekrował i odprawił tu mszę świętą. Po mszy na terenie domu zakonnego spotkał się z byłym prezydentem RP Lechem Wałęsą. A sanktuarium stało się z czasem najpopularniejszym w Polsce miejscem kultu Matki Boskiej Fatimskiej. Do parku za kościołem przeniesiono ołtarz spod Wielkiej Krokwi, zaprojektowany przez artystę Marka Szalę, profesora Zespołu Szkół Plastycznych imienia Antoniego Kenara w Zakopanem, przy którym papież odprawił mszę świętą 6 czerwca 1997 roku. Po śmierci papieża jest to również jedno z najważniejszych miejsc związanych z kultem świętego Jana Pawła II w Polsce. Jest to najpopularniejszy ośrodek pielgrzymkowy na Podhalu, odwiedzany rocznie przez półtora miliona pielgrzymów.