Kościół ten został zbudowany w latach 1982–1991 według projektu Witolda Cęckiewicza na działce ofiarowanej przez braci Jana, Józefa i Stanisława Trzebuniów. Kościół został konsekrowany 14 października 1991 roku przez kardynała Franciszka Macharskiego. Stąd dwa razy w roku – 19 sierpnia i 14 września – wyruszają uroczyste pielgrzymki na Giewont. 19 sierpnia przypada rocznica poświęcenia krzyża na Giewoncie, który został tam postawiony w 1901 roku. Kościół ten jest częstym miejscem koncertów muzyki klasycznej. Występowało tu wielu artystów światowej sławy z kompozytorem i dyrygentem Henrykiem Mikołajem Góreckim na czele. Ojciec Święty Jan Paweł II gościł w kościele Świętego Krzyża 6 czerwca 1997 roku rano z krótką wizytą przed odprawieniem mszy świętej na stadionie pod Wielką Krokwią. Spotkał się tu z ludźmi chory mi z Zakopanego i okolic. Dziś w kościele Świętego Krzyża przechowy wane są relikwie Jana Pawła II