Cały teren, na którym znajdują się Stary Kościół, Kaplica Gąsieniców i Cmentarz Zasłużonych znany jest pod nazwą Pęksów Brzyzek, choć popularnie odnosi się tę gwarową nazwę jedynie do Starego Cmentarza. Teren pod kościół i cmentarz ofiarował bogaty zakopiański gazda Jan Pęksa, a wysoki, płaski, brzeg potoku – w tym przypadku Cichej Wody – po góralsku nazywa się brzyzek, oto etymologia gwarowej nazwy tego miejsca. W pierwszej połowie XIX wieku Zakopane podzielone było pomiędzy dwie parafie – w Chochołowie i Poroninie. W związku z tą niedogodnością, wzrostem liczby ludności i coraz liczniej pojawiającymi się pod Giewontem letnikami, ówcześni właściciele dóbr zakopiańskich – Klementyna i Edward Homolacsowie, zamieszkujący we dworze w Kuźnicach – rozpoczęli starania o utworzenie samodzielnej parafii i w tym celu zobowiązali się do jej utrzymania. Kościół budowali w latach 1845-1847 miejscowi cieśle pod kierunkiem Sebastiana Gąsienicy-Sobczaka. Jest to prosty, jednonawowy kościółek zorientowany tak jak góralskie chałupy „na godzinę jedenastą”, czyli z wejściem od południa. Początkowo kościół nie miał wieży, a dzwonnica stała osobno. Pierwszy zakopiański proboszcz ksiądz Józef Stolarczyk dobudował po roku 1850 wieżę i postawił również plebanię. Wbrew rozpowszechnionym opiniom ksiądz Stolarczyk nie budował kościoła od podstaw, kiedy przybył do Zakopanego pierwotna część kościoła już stała. Wewnątrz na podłodze widać wciąż granicę pomiędzy starą, a nową częścią kościółka. Jego prosta bryła kojarzyła się przybyszom ze stodołą – tak właśnie opisywali Stary Kościółek Maria Steczkowska w roku 1858 i Francuz Gustave Le Bon w roku 1879. Trzy ołtarze wykonał znakomity góralski rzeźbiarz, pochodzący z Gliczarowa Wojciech Kułach-Wawrzyńcok. Początkowo kościół był pod wezwaniem św. Klemensa, którego obraz znajdował się w głównym ołtarzu, a obecnie wisi po jego lewej stronie, przy wejściu do zakrystii. Prawdopodobnie w okresie międzywojennym patronką kościółka została Matka Boska Częstochowska, a kopia obrazu jasnogórskiego zastąpiła w głównym ołtarzu św. Klemensa. Co ciekawe, stare organy z roku 1854 znajdują się dziś w kościele parafialnym w Kościelisku, przeniesione tam z inicjatywy drugiego zakopiańskiego proboszcza księdza Kazimierza Kaszelewskiego. W 2001 roku przeprowadzono gruntowny remont konserwatorski kościoła i wyposażono go w nowoczesną instalację przeciwpożarową.